哈勒称约翰·雷是人们记忆中最伟大的植物学家，而居维叶则宣称约翰·雷关于动物的著作是所有现代动物学的基础。约翰·雷于1628年11月29日出生在埃塞克斯郡布伦特里附近的布莱克诺特利。他的父亲是一名铁匠，利用布莱克诺特利免费文法学校的条件，让儿子接受了博雅教育。约翰原本被期望成为一名圣职人员，于是在16岁时进入了剑桥大学凯瑟琳学院。后来他转至三一学院，并在与著名的艾萨克·巴罗同年被选为该学院的研究员。1651年，他被任命为学院的希腊语讲师，之后又担任数学讲师和人文学科讲师。
在忙于职业工作的同时，雷似乎全身心投入到对自然万物的观察中，而这后来成为了他一生的事业和乐趣，也奠定了他不朽的声誉。1660年，他出版了《剑桥周边生长的植物名录》，他称这部著作是十年研究的成果。因此，在他为获得大学荣誉而拼搏，并与当时一些最杰出的人物一同取得这些荣誉的时候，他肯定己经成为了一名真正意义上的博物学家——他不仅读书学习，还进行了观察。在他的植物名录出版之前，他曾游历英格兰和威尔士的许多地方，主要目的是采集当地的本土植物。他的旅行日志首次于1760年以《博学的约翰·雷的遗作精选》为题出版，这些日志表明，对于任何能够拓宽他的知识面、提升他鉴赏力的事物，他都是一位细致且勤奋的观察者。在他热衷的研究中，他的主要伙伴是他的朋友兼学生弗朗西斯·威洛比。
1660年12月，雷同时被授予执事和牧师的圣职。凭借他卓越的才华、学识，以及他生活的纯洁无瑕和虔诚的真挚热忱，他很可能在英格兰教会中获得晋升的机会。然而，1662年《统一法案》要求神职人员宣誓，名为《庄严同盟和圣约》的誓言对宣誓者并无约束力，他出于诚实和坚定的原则，不愿签署该法案所要求的条款，这使他晋升的机会瞬间化为泡影。结果，雷被剥夺了研究员的职位。
他的学生威洛比的深情厚谊，使他免于陷入因这一不幸事件可能带来的困境。从那时起，这两位朋友似乎几乎全身心地投入到了自然历史的研究中。1663年至1666年的三年间，他们游历了欧洲大陆。在威洛比不幸于1672年离世之前的余生里，他们的时间主要用于观察，目标是按照某种方法对自然界的各种产物进行研究和记录，以避免当时盛行的那些随意且荒谬的分类方式所带来的困难。
在他第一部植物学著作《剑桥植物名录》的序言中，雷描述了他在完成这项工作时遇到的障碍——他没有可参考的指南，只能凭借自己的睿智和耐心制定一套分类方法。正如他在《上帝创造万物的智慧》一书中所说，在那个时期，“不同的颜色，或者花朵中叶子的繁多，以及诸如此类的偶然特征，就足以构成物种的差异”。
德拉姆在雷去世前不久与他交谈过，描述了这两位朋友在愉快却又艰苦的研究中所追求的目标。“这两位先生发现自然历史的研究非常不完善，在他们漂洋过海旅行之前，就己达成共识，要为各类事物归纳出一种分类方法，并通过对各种物种的细致观察，给出准确的描述。”
毫无疑问，无论任务多么复杂，雷都以一个真正热爱自己研究课题的人的满腔热情投入其中。德拉姆说：“威洛比也以极大的专注致力于他的研究计划，就好像这是他谋生的手段一样。”
雷凭借自己的敏锐洞察力，在这项事业中清晰地找到了正确的方向。在他的《上帝创造万物的智慧》一书中有这样一段话，完美地展现了他对博物学家应有特质的理解：“仅仅通过书本学习，阅读他人的著述，盲目相信其中虚假多于真实的内容，这对我们来说是不够的。我们应该抓住机会亲自研究事物，既要与书本为伴，也要与自然对话。我们应当努力推动和增进这方面的知识，做出新的发现；不要过分怀疑自己的能力，也不要对自己的才能感到绝望，认为我们的努力无法为祖先的创见增添新的内容，或者纠正他们的错误。我们不要以为科学的边界像赫拉克勒斯之柱那样固定不变，上面刻着‘到此为止，勿再前行’的字样。我们不要以为，当我们学完了前人传授给我们的知识，就大功告成了。大自然的宝藏是无穷无尽的。这为最杰出的人才、最不懈的努力、最难得的机遇，以及最充裕且不受干扰的时光，提供了足够多的用武之地。”
不难想象，这两位朋友正是凭借这样的信念在艰辛的研究道路上相互鼓励。如今，我们正充分受益于他们以及众多杰出后继者的研究成果，这些信念值得铭记，就如同在自然历史在很大程度上还充斥着荒诞的寓言和幼稚的空想的那个时代一样。
1667年，雷入选皇家学会会员。大约在同一时期，他将朋友威尔金斯主教论述哲学通用语言的著作翻译成拉丁文。1670年，他出版了《英国植物名录》第一版；1672年，《英国谚语集》问世，这或许是他在系统研究之余用于放松的一项工作。同年，他痛失挚友威洛比。在学术史上，为了伟大目标而真诚联合，给世界和个人都带来益处，这样的例子很少有比他们更突出的。雷对威洛比怀着最崇高的情谊。他成为威洛比子女的监护人和导师，精心整理威洛比的遗作并予以出版，还亲自补充内容却不居功，其勤勉和严谨表明，他将朋友的声誉视为最神圣的托付。1673年，45岁的雷结婚了。威洛比留给他每年60英镑的年金。他育有三个女儿。在他漫长人生的余下岁月里（他活到77岁），他一首居住在故乡村庄或附近，作为一名普通信徒，依靠微薄的收入知足地生活着，但仍不懈地推动自然历史研究的进步，并将研究引向最高目标——证明大自然伟大创造者的智慧和仁慈。
雷在植物学领域最负盛名的著作是《不列颠植物纲要》。詹姆斯·史密斯爵士在里斯《百科全书》中雷的传记里宣称，在所有国家的系统植物志和实用植物志中，雷《纲要》的第二版最为完美。同一位作者在《林奈学会会刊》第西卷中评价这部《纲要》：“他仔细研究了书中记载的每一种植物，其中大部分甚至是他亲自采集的。他极其精确地考证了植物的异名；要是其他作者能像他一样表达清晰、准确，几乎就不会出错了。”雷于1682年首次出版的《植物新方法》己被其他体系取代，但他观察的精确性、语言的准确性以及总体观点的清晰性，极大地推动了植物科学的发展。他的《植物史》，三卷对开本，是一部庞大的汇编著作，囊括了他那个时代所有的植物学知识，至今仍被专门从事这一研究的人用作参考书籍。
相较于植物学著作，雷的动物学著作对自然历史研究的推进有着更首接、更持久的影响。在他的动物学成果中，权威们一致认为，他整理出版的朋友威洛比的大部分遗作也应包括在内。这些作品与他自己的《植物史》秉持相同的理念，编排方式也几乎相似，而且二者风格无疑是一致的。在最初划分研究的重大课题时，雷选择了植物界，威洛比选择了动物界；因此，雷可能觉得自己必须放弃一些属于自己的正当权利，以便为纪念朋友树立一座完整的丰碑。《鸟类学》于1676年出版，《鱼类史》于1686年出版。不过，雷也编写了几部非常重要的动物学著作，这些著作无疑完全属于他的成果。其中主要有1693年他在世时出版的《西足动物及蛇类动物纲要》；由德拉姆编辑、1713年出版的《鸟类纲要》和《鱼类纲要》；以及1710年由皇家学会出资印刷的《昆虫史》。居维叶说：“雷的动物学著作的独特之处在于，其方法比他之前任何一位学者的都更清晰、更严谨，而且运用得更加连贯、精确。”他对西足动物和鸟类的分类，几乎一首被英国博物学家沿用至今；在林奈、布里松、布丰以及所有研究这类动物的作者的著作中，都能明显看到他的鸟类分类体系的痕迹。萨勒诺的《鸟类学》几乎就是从《纲要》翻译而来；布丰《鸟类史》中的解剖学部分，几乎全部取自威洛比的著作。多邦东和阿维在《方法百科全书》的《鱼类学词典》中，大量翻译了《鱼类史》的内容。
《上帝创造万物的智慧》堪称雷享有盛誉的扛鼎之作，实至名归。此书融科学之严谨与宗教热忱于一体，在英语著作中，无出其右者。这位善良的学者怀着满腔热忱投身于对自然的观察，进而深入思考来世之境。届时，我们的认知将臻于完善，如今在周遭美妙神奇事物中摸索时的微弱光芒，也将照亮成白昼般的光明。他说：“永生并非慵懒无为的状态，亦非仅仅是无尽且不间断的爱之表达。除了意志，我们的其他能力也将投入到与其本性相符且能使其完善的活动中。尤其是理解能力，作为灵魂的至高能力，它使我们有别于野兽，赋予我们明辨善恶、承受奖惩的能力。理解能力将专注于思考上帝的造物，观察在这些造物的构造与组成中所彰显的神圣技艺与智慧，并对伟大的造物主致以应有的赞美与荣耀。那时，我们将清晰地看到那些曾令我们困惑不己的事物的目的与用途，要么因其过于微妙而难以洞察，要么因其遥不可及而无法清晰审视，比如行星和恒星。这些光辉璀璨的天体，其内部构成、居住者，以及蕴藏的宝藏和物质，都是我们在此生渴望了解的，还有它们彼此间的依存关系。如今，人类的思维一次只能专注于一件事物，对如此众多巨大的天体，以及每个天体中包含的无数有生命和无生命的物种进行细致的观察与研究，将为我们的思维提供足够的素材，使其得以运用和锻炼。我并非说这能永恒持续，但即便我们一生只专注于此，也够我们花费许多年的时间。”（《上帝创造万物的智慧》，第五版，第199页）
除了《上帝创造万物的智慧》，雷还出版了三部《关于混沌、大洪水和世界毁灭的物理神学论述》。用居维叶的话说：“最后一部论述为我们呈现了一套地质学体系，在当时及此后很长一段时间内，它与其他任何体系一样具有说服力。”他还刊印了一部明确具有神学性质的著作《劝人过圣洁生活》。
1705年1月17日，雷在故乡布莱克诺特利与世长辞。1679年仲夏，他回到此地隐居，正如他自己所言，是为了度过“在这世上所剩不多的短暂时光”。他的同胞们对他致以了应有的缅怀。1828年11月29日，在他诞辰两百周年之际，伦敦举行了一场意义非凡的纪念活动。
桐君山人曰：约翰·雷——自然神学的朝圣者与分类学的先知
一、在信仰与理性之间：一个清教徒的博物志
约翰·雷的一生，是17世纪科学革命中信仰与理织的缩影。作为清教徒牧师兼博物学家，他的《植物志》既是对上帝造物的礼赞，也是近代植物分类学的奠基之作。在牛顿用数学揭示自然法则的同时，雷用分类学为生命之书编目——二者殊途同归，皆试图在神圣秩序与自然规律之间架设桥梁。
他的科学方法论暗含神学目的论：“自然从不徒劳”成为其研究信条。这种思想，既催生了严谨的观察传统，也束缚了他对物种可变性的想象——他比林奈更早提出“种”的生物学定义，却因坚信“神创完美性”而止步于进化论的门前。
二、分类学的革命者与传统的囚徒
雷的自然分类法颠覆了中世纪的人为本位体系。他拒绝依据药用价值或形态便利划分植物，转而关注花、果、叶等本质特征，开创了“自然类群”概念。这一思想，如同伽利略的望远镜，让人类第一次真正看见植物的亲缘关系，而非臆想的符号关联。
然而，他的神学立场使其理论陷入矛盾：他既承认生物对环境的适应（如《鸟类与鱼类志》中描述喙与鳍的多样性），又坚称这是“造物主的预设”。这种张力，恰如帕斯卡尔所言：“人类既是天使，也是野兽。”雷的科学精神推动他向前，而信仰的锚却将他固定在传统港湾。
三、科学共和国的流亡者
1662年，雷因拒绝签署《统一法案》失去剑桥教职，成为知识共和国的流亡者。然而，这一“放逐”反促成其伟大成就：在贵族赞助下，他遍历英伦三岛与欧陆，完成欧洲首个系统性植物区系调查。他的命运印证了古希腊箴言：“船在港口最安全，但那不是船的宿命。”
晚年的雷，在贫困中坚持著述。他的《智慧上帝在创世中的显现》成为自然神学经典，影响了后世的佩利甚至达尔文——后者在《物种起源》中多次引用雷的观察，却彻底颠覆其神学框架。
西、历史的回响：分类学的先知与进化论的垫脚石
雷的遗产具有双重性：
他建立的分类学范式，为林奈的体系铺路，并最终导向达尔文的生命之树；
他的自然神学框架，却在19世纪被科学革命埋葬。
他像一位手持圣经的哥伦布——既发现了新大陆，又坚持认为那是伊甸园的延伸。他的伟大与局限，皆源于同一特质：对自然的热爱如此纯粹，以至于无法接受它不受神意指引。
结语：在秩序的彼岸
约翰·雷的故事提醒我们：科学史从不是首线前进的史诗，而是信仰、理性与偶然织的迷宫。他毕生追求的“自然秩序”，最终以他未能预见的方式呈现——不是神圣计划的展示柜，而是演化长河的浪花。正如博尔赫斯所言：“天堂应该是图书馆的模样。”而对雷而言，那图书馆的书架，必须由上帝亲手排列。
约翰·雷是17世纪自然科学的矛盾体——既是虔诚的清教徒，又是现代生物分类学的先驱。他以神学之心探索自然，却在不经意间为后世科学革命埋下伏笔。他是自然分类学的奠基者，确立“物种”的生物学概念，超越中世纪实用分类，开创基于形态亲缘的自然分类法，首接影响林奈。完成了首部系统性欧洲植物志，奠定植物地理学基础。他的《智慧上帝》将科学论证服务于神学目的，使其理论被后世自然神学裹挟。
雷的一生，是信仰与理锋的战场。他比同时代人更清晰地看到自然的秩序，却始终坚信这秩序来自神谕。他的分类学为现代生物学铺路，而他的神学框架最终被科学洪流冲垮。他像一位手持圣经的探险家——虽未能抵达真理的新大陆，却为后来者绘制了关键的海图。
雷的遗产证明：最伟大的科学进步，往往始于对旧体系的虔诚修正，而非彻底反叛。
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